Auf die Saison 2020/21 hin haben der Stammverein des FC Blue Stars Zürich 1898 und die bisherige Frauensektion beschlossen, den Frauenfussball im Rahmen eines neuen Vereins FC Blue Stars Zürich Frauen 1968 zu organisieren.
Nach Durchführung der erforderlichen Vorbereitungsarbeiten hat der Schweizerische Fussballverband SFV am 24. Juni 2020 die Statuten des neuen FC Blue Stars Zürich Frauen 1968 genehmigt und den neuen Club in den Verband aufgenommen. Da die Neuorganisation im Einvernehmen mit dem bisherigen Stammverein erfolgte, ändert sich am Spielbetrieb und an der Ligazugehörigkeit der einzelnen Teams nichts. Die beiden Vereine streben eine enge Zusammenarbeit an und versprechen sich von der Reorganisation vor allem eine Verbesserung der Abläufe und eine vereinfachte Zusammenarbeit mit unseren Partnern.